Duyên khởi từ Tôn giả A-nan suýt phạm giới Ba-la-di trước tà chú và sắc đẹp của kỹ nữ Ma-đăng-già. Đức Phật liền sai Bồ-tát Văn Thù đem Năm đệ Thần chú Lăng Nghiêm đến cứu A-nan thoát nạn ma nữ. Phật khai ngộ và giảng kinh Lăng Nghiêm cho A-nan nghe. A Nan tiêu sạch trần cấu mê lầm, nhận ra chơn tâm thường trú, thể tánh tịnh minh vô dục, vô tham của mỗi người và cuối cùng ngài chứng được Đại Định Thủ Lăng Nghiêm, Như Lai Vạn Hạnh thù thắng.

Từ đó, chúng xuất gia vào mỗi buổi sáng sớm đều trì thần chú để chuyển hóa dục nhiễm, nên thời Lăng Nghiêm này được gọi là Công phu khuya.