La historia es contada por Ángela Carballino, una mujer discípula de Manuel Bueno, párroco de su pueblo. La trama tiene lugar en un pequeño pueblo a orillas del lago de Sanabria, Valverde de Lucerna. En este pueblo, todo el mundo adora a Manuel Bueno; incluso en el colegio al que va Ángela, éste es conocido. En las conversaciones que mantiene Ángela con don Manuel, ésta descubre que el párroco no cree en la vida del más allá. Lo primero que nota es que don Manuel es reacio a creer en el Demonio. Cuando llega el hermano de Ángela, Lázaro, de América su madre y su hermana intentan convertirlo al cristianismo, ya que Lázaro había perdido la fe. Poco a poco, Manuel Bueno consigue que Lázaro se convierta en su discípulo. Lázaro no se fiaba de don Manuel debido a que siente cierta aversión hacia los curas, pero don Manuel le parece diferente y por eso empiezan a entenderse. La madre de los hermanos muere y en el lecho de muerte le pide a su hijo Lázaro que rece por él. Lázaro se lo promete. Desde este momento, Lázaro acompaña a don Manuel en sus paseos por el lago y la montaña. En uno de estos paseos Don Manuel le cuenta que no cree; esta falta de fe es una carga que le ha ocasionado sufrimiento durante toda su vida (de ahí "mártir": Don Manuel Bueno es mártir por no poder creer). Lázaro le cuenta este secreto a su hermana, que serán las dos únicas personas que lo sepan. Don Manuel Bueno acaba muriendo en su pueblo, arropado por todos sus feligreses, que consideran a Manuel un santo. Poco después Lázaro también muere, quedando Ángela sola. Ésta se dedicará a escribir la vida de Don Manuel Bueno y su relación con los dos hermanos.